輻照加工企業(yè)的成本大致分為：設(shè)備投資及折舊、設(shè)施的維護(hù)及運行成本、輻照加工成本、人力成本等。企業(yè)在計劃建設(shè)輻射裝置時，首選考慮的應(yīng)是一次性的設(shè)備投資、輻照加工及設(shè)備的運行維護(hù)。如果以目前國產(chǎn)的10MeV高能加速器與50萬居里的鈷源設(shè)施為例，一次性設(shè)備及建筑投入兩者約在2000～2400萬元人民幣左右（進(jìn)口加速器的投資成本另當(dāng)別論），鈷源裝置的投入加上了輻射源的首次購買費用，因此加速器的投入與鈷源裝置投入基本相當(dāng)。
運行成本主要為直接的能源成本和間接成本。加速器裝置主要是電源的消耗，約為15元/千瓦時電子束輸出；而鈷60裝置主要是定期的鈷源補(bǔ)充，約為24元/千瓦時γ射線輸出。間接成本主要是鈷60的廢源處理成本，約為3～10元/千瓦時γ射線輸出，而電子加速器則沒有。相比之下鈷源的運行成本高于電子加速器。
食品、藥品及醫(yī)療器械的消毒滅菌輻照加工成本主要取決于輻射加工的射線利用率。據(jù)研究10MeV的電子加速器的射線利用率最高可達(dá)50%，通常約為10%～40%。而鈷60γ射線的最高利用率為42%，通常在8%～35%之間。
除此以外，對成本的影響還有其它不確定因素。對于鈷60γ射線裝置來說，我國的鈷源一直是依賴國外進(jìn)口，價格受國外廠商控制。但據(jù)了解國內(nèi)目前已經(jīng)能夠生產(chǎn)符合國際標(biāo)準(zhǔn)的鈷源，并已開始在401分裝，隨著鈷源國產(chǎn)化，鈷源價格成本今后會降低。鈷源是特殊的商品，如果管理不到位，對社會具有較高危險程度，因此國家對放射性物質(zhì)的管理
也在進(jìn)一步嚴(yán)格和規(guī)范，這對鈷源的運輸成本、廢源的處理和安保措施等會增加難度和費用（包括環(huán)境因素和防范恐怖分子等因素的影響）。設(shè)備運行的穩(wěn)定性是影響電子加速器的關(guān)鍵因素之一，即設(shè)備的年運行生產(chǎn)時間直接關(guān)系到收益情況。
另外，國內(nèi)高能加速器設(shè)備近年才在技術(shù)上實現(xiàn)突破，真正在食品輻照方面的產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用還沒有或使用的范圍很窄。電子加速器輻照食品的種類、工藝研究，質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)等技術(shù)方面的研究都還不成熟。而鈷60γ輻照裝置，生產(chǎn)工藝、技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)等都相當(dāng)成熟，在近一段時間內(nèi)具有投資風(fēng)險較小的優(yōu)勢。加速器設(shè)備本身一直以來都比鈷源裝置貴，但參照半個世紀(jì)以來加速器的能量以每十年一個數(shù)量級的增長，而單位能量的造價以每十年一個數(shù)量級的下降的規(guī)律，隨著技術(shù)的發(fā)展，高能加速器的性價比也會越來越高。
在設(shè)備的維護(hù)上加速器較鈷60γ裝置復(fù)雜，對運行維護(hù)人員的技術(shù)要求更高。
